Pakapės dvaro savininkas Eustachijus Karpis 1860 m. pastatė medinę bažnyčią. 1879 m. pastatyta nauja bažnyčia, kuri išliko iki šių dienų beveik nepakitusi. Tai viena iš nedaugelio žalios spalvos Lietuvos bažnyčių. Žalia spalva Bažnyčios liturgijoje simbolizuoja amžinojo gyvenimo ir išganymo viltį, Dievo malonės siekį.