Bažnyčia yra miesto centre, prie pat Šiaulių bulvaro. 1993 m. rugsėjo 7 d. vizito į Lietuvą metu popiežius Jonas Paulius II palaimino ne tik bažnyčią, bet ir būsimą jėzuitų mokyklą. Jėzuitai savo veikloje vadovaujasi šūkiu: „Viskas didesnei Dievo garbei“. Dažnai jie, atsiduodami Dievo malonei, imdavosi įvairių sudėtingų užduočių – misijų ar švietėjiškos veiklos. Jėzuitų vienuolija Šiauliuose įsikūrė 1930 m. kunigo Benedikto Andruškos (pirmojo rektoriaus) rūpesčiu. 1935 m. pastatyta viešoji oratorija. 1949 m. Šiaulių Šv. Ignaco bažnyčia ir vienuolynas buvo uždaryti, bažnyčioje įrengtas sandėlis, vėliau sporto salė. 1990 m. bažnyčia grąžinta tikintiesiems.

Minint popiežiaus Jono Pauliaus II vizito Lietuvoje dvidešimtmetį, bažnyčios šventoriuje pastatytas paminklas. Takui nuo bulvaro iki popiežiaus skulptūros suteiktas Popiežiaus Jono Pauliaus II vardas. Šiauliečiai stebuklu vadina tokį įvykį: popiežiui Jonui Pauliui II beklūpant Šv. Ignaco Lojolos bažnyčioje, jo sutana išsitepė dažais, o prie bažnyčios pastatytoje skulptūroje, kaip tik ten, kur buvo ištepta, pastebėta raudona dėmė.